Hace 5,000 años, en la desembocadura del Río Chillón, diversos grupos humanos se fueron asentando, dedicándose a la recolección, caza y pesca.

Hacia los 3.500 años a.C. se construye un centro ceremonial, que hoy conocemos como el "el paraíso", con lo cual se evidencia el inicio de una sociedad estratificada. En el periodo formativo (1.400 años A.C.), se construye "Chocas" y "Huacoy", este último, según la Dra. Maria Rowstorowki, posiblemente haya estado relacionado con el dios KON, dios solar que procedía del norte.

La característica de estos centros ceremoniales es que su construcción presenta planta en U. En el intermedio temprano (200 años A.C.), surge la cultura Lima. Testimonios de estas culturas son los centros arqueológicos "culebras" y "copacabana".

En el horizonte medio (600 años D.C.), la influencia Wari se manifiesta en Ancón, donde se han encontrado diversas tumbas de este periodo.
En el periodo intermedio tardío (1,lOO años D.C.), surge, en el valle del rió Chillón, el señorío "Colli", "Collec" o "Collique", que domina todo el valle bajo y medio; el Capac Colli tenía como centro administrativo, religioso, residencial y militar a la "Fortaleza de Collique"; otro de los centros Collis fue el cerro "Pro".

Asimismo se construyeron grandes murallas que bordeaban el río chillón. En la época Inca, los Collis son sometidos violentamente por el Inca Tupac Yupanqui, quien establece su centro principal en "Tambo Inga", además se hicieron construcciones como el "Palacio Oquendo", de carácter residencial.