Cuando la expedición libertadora llegaba al Sur con José de San Martín, el Perú estaba gobernado por el virrey Pezuela, quien es obligado a dejar el cargo a Don José de la Serna.

La Serna Invita a San Martín a entablar conversaciones para negociar el destino del Perú. Esta entrevista se produce el 2 junio de 1821 en la hacienda Punchauca, sin embargo estas negociaciones no tuvieron éxito debido a la obstinación de los españoles.

Carabayllo como distrito no tiene una ley de creación política. La fecha mas antigua data del 29 de Junio, antes que se produjera la independencia del Perú.

Después del 28 de Julio de 1821, San Martín, mediante un decreto del 4 de agosto de 1821, crea el departamento de Lima, que debía de haber estado conformado por las parroquias (futuros distritos) de Carabayllo y otros.

El 21 de Junio de 1825, en el gobierno de Simón Bolívar se decreta una ley convocando a las primeras elecciones parroquiales. Carabayllo en esta época era denominada parroquia y por ende debía participar en la elección de sus representantes. El término de "distrito" recién se emplea a partir de 1827 de acuerdo a la Constitución de 1823.

Durante el gobierno de José Rufino Echenique, en 1822, Carabayllo amplía y ejerce jurisdicción sobre las Islas de Pescadores y las de Ancón, para que administre y realice la explotación del guano.

Durante el segundo gobierno de Ramón Castilla, mediante ley del 2 de enero de 1857, convoca a elecciones municipales y establece Municipalidades en los distritos y poblaciones que tiene mas mil habitantes; debido a esto Carabayllo es mencionado en la ley para que se cree un municipio, y por ello también se consideró como fecha de creación de distrito el día 2 de Enero.

Hasta 1874 Carabayllo era el único distrito de hecho que había en el valle del río Chillón; tenía como limites a Chancay, Canta, Huarochirí, San Juan de Lurigancho y el Océano Pacifico.

Al declarase la guerra con Chile el pueblo de Carabayllo asume la defensa del Perú. El 1ro de Junio de 1879. en el concejo municipal se organiza un "escuadrón de carabayllanos". para luchar y defender el suelo patrio.

Después de la guerra con Chile la recuperación fue lenta. En el valle de Carabayllo se cultivan grandes extensiones de caña de azúcar y de algodón, productos que cobran gran importancia, principalmente durante primera guerra mundial.