Al fundarse Lima en 1535, se inicia el repartimiento de tierras entre los conquistadores.

El primer encomendero del valle de Carabayllo fue Domingo de la Persa, posteriormente fue Francisco Martín de Alcántara. En 1549, Antonio de Rivera es nombrado corregidor de valle.

Los españoles ocupan las tierras y someten a los indígenas al trabajo forzado de la tierra y a pagar tributos; debido a esta situación los indígenas optan por emigrar hacia el valle Alto del Chillón.

Esto hace que en 1575 se cree el pueblo de San Pedro de Carabayllo, como un pueblo de reducción de indios.

En este pueblo se construyó la Parroquia de San Pedro, que se terminó de construir en 1622; así se inició el proceso de evangelización de los indios para contrarrestar la práctica de la idolatría.